Několik let se ÚČLK úspěšně spolupodílel na fakultním výzkumném záměru Základy moderního světa v zrcadle literatury a filosofie.
Po pět let sám organizoval Centrum výzkumu české umělecké avantgardy (financované MŠMT ČR, hl. řešitel Petr A. Bílek), jehož hlavním výstupem se (spolu s řadou překladových knižních titulů a dalších odborných aktivit) stala dvojjazyčně vydaná monografie Heslář české avantgardy/A Glossary of Catchwords of the Czech Avant-Garde (UK FF – Togga, Praha 2011, Petr. A Bílek, Josef Vojvodík, Jan Wiendl eds.).
ÚČLK inicioval rovněž vznik Centra pro studium holocaustu a židovské literatury (koordinátor prof. Jiří Holý), které posléze vstoupilo do užší kooperace s fakultním Centrem židovských studií.
V rámci ÚČLK nalezlo zázemí rovněž Centrum genderových studií (koordinátorka doc. Libuše Heczková).
Od roku 2003 je budován projekt Elektronické knihovny české literatury, který má za cíl nabídnout základní odborné a v konkrétních případech i beletristické texty pro studium české literatury a komparatistiky.
Tým pracovníků ústavu se rovněž podílel na výzkumném záměru Dějiny novější literatury v nadnárodních kontextech, jehož výstupem se staly zejména publikace Dějiny nové moderny (Česká literatura v letech 1905–1923, Academia, Praha 2010) a Dějiny nové moderny – Lomy vertikál (Česká literatura v letech 1924–1934, Academia, Praha 2014).
V současnosti ÚČLK kooperuje v rámci uskutečňování Programu rozvoje vědních oblastí na Univerzitě Karlově (PRVOUK), konkrétně na jeho devátém programu Literatura a umění v mezikulturních souvislostech, jehož fakultním koordinátorem je ředitel ÚČLK doc. Wiendl. V rámci ÚČLK jsou realizovány tři podprogramy Kultura a totalita (řešitel J. Wiendl), Literární brak: „triviální“ a „pokleslé“ žánry a podoby literatury (řešitel P. A. Bílek) a Metodologie ediční práce (řešitel V. Vaněk).
Spolu s Institutem pro studium literatury ÚČLK inicioval a v letech 2013–2015 zajišťoval projekt Inovace bakalářského studia s důrazem na zavedení projektové výuky a zapojení digitálních technologií, schváleným k podpoře hlavním městem Prahou v rámci Operačního programu Praha – Adaptabilita a Evropského sociálního fondu.
